و بلافاصله پس از ثبوت جرم و صدور حکم، اعمال مجازات کرده و مراتب را به کمیسیون مزبور اعلام دارند.
اما در رابطه با ضمانت اجرای نتایج ناشی از رسیدگی‌های کمیسیون اصل 90 باید گفت، کمیسیون بدون صدور حکم و رسیدگی قضایی به‌معنای خاص، صرفاً درخصوص موضوعات مورد شکایت بررسی کرده و پس از اخذ توضیح از مقام یا نهاد طرف شکایت، نتیجه را به شاکی اعلام می‌کند که در عمل عبارت است از: اعلام عدم تخلف یا ارتکاب تخلف که مبنای رسیدگی و صدور حکم (نه اصل حکم) است.
به‌نظر می‌رسد در مواردی که شکایت مربوط به قوه قضائیه باشد، باید در نظر گرفت که درصورت عدم پاسخ‌گویی، تخلف عدم همکاری باید توسط قوه قضائیه رسیدگی شود، دراین‌باره کمیسیون اصل 90 نمی‌تواند استقلال کامل خود را حفظ نموده و در این‌گونه موارد عدم ضمانت اجرای‌ کمیسیون کاملاً مشهود است.
ـ تحقیق و تفحص: براساس تبصره «1» ماده (198) آیین‌نامه داخلی مجلس، سازمان یا نهاد تحقیق و تفحص شده موظف است تمامی مدارک و اطلاعات لازم کمیسیون تحقیق و تفحص را برای بررسی در اختیار مجلس قرار دهد. به‌موجب ماده (201) آیین‌نامه داخلی مجلس، درصورت همکاری نکردن با هیئت تحقیق و تفحص برای در اختیار گذاردن اطلاعات و مدارک درخواستی و فراهم کردن امکانات و تسهیلات لازم هیئت، مسئولان دستگاه ذی‌ربط متخلف و مجرم محسوب و با شکایت هیئت تحقیق و تفحص تحت پیگرد قضایی قرار خواهند گرفت. همچنین طبق ماده (200) آیین‌نامه داخلی مجلس درصورت احراز تخلف و ضرورت تعقیب، متخلف را هیئت رئیسه مجلس به محاکم قضایی معرفی می‌کند. دستگاه قضایی صالح موظف است طبق مقررات، خارج از نوبت تقاضای کمیسیون را رسیدگی کرده و نتیجه را به کمیسیون اعلام کند.
همچنین به استناد ماده (198) آیین‌نامه داخلی مجلس، نتیجه تحقیق و تفحص طی گزارشی در جلسه مشترک هیئت تحقیق و تفحص در کمیسیون تخصصی مربوط به تصویب و به مجلس تقدیم می‌شود.
ـ اطلاع رئیس مجلس از تصویب‌نامه‌ها و آیین‌نامه‌های دولتی: طبق ماده واحده چگونگی اجرای ‌اصل 85 و 138 قانون اساسی… تصویب‌نامه‌ها و آیین‌نامه‌های دولت و مصوبات کمیسیون‌های مذکور در اصل 138 و نیز مصوبات موضوع اصل 85 به اطلاع ریاست مجلس شورای اسلامی رسیده و درصورتی‌که رئیس مجلس آن را خلاف قانون تشخیص دهد، نظر خود را با ذکر دلیل به دولت اعلام می‌کند، چنانچه این قبیل مصوبات بعضاً یا کلاً خلاف قانون تشخیص داده شوند، حسب مورد هیئت وزیران یا کمیسیون مربوطه مکلف است ظرف یک هفته پس از اعلام نظر رئیس مجلس، نسبت به اصلاح مصوبه اقدام و سپس دستور فوری توقف اجرا را صادر کند. طبق تبصره «1» ماده واحده، هیئت دولت و کمیسیون‌های موضوع اصل 138 مکلفند علاوه‌بر ارسال متن مصوبات و مستندات آن به درخواست رئیس مجلس، سوابق و اطلاعات و متن مذاکرات هیئت دولت و کمیسیون‌های مربوطه را در اسرع وقت در اختیار وی قرار دهند.
ـ نمایندگان ناظر: حضور نمایندگان ناظر در مجامع و شوراهای دولتی و عمومی باعث می‌شود نمایندگان ناظر در جریان عملکرد امور اجرایی مهم و تصمیم‌گیری‌های سیاسی و اقتصادی و اجتماعی کشور قرار گیرند تا درصورت لزوم و به تناسب امور به اقدامات لازم نظارتی و کنترلی دست زده یا پس از بررسی‌ها و رسیدگی‌ها و کارشناسی‌های لازم به اصلاح قوانین مربوطه اقدام کنند یا درصورت فقدان راهکار قانونی به رفع خلأ قانونی مبادرت نمایند. هر چند بیشتر نمایندگان ناظر در این‌ موارد دارای حق رأی در مجامع مذکور نیستند، اما در عمل گزارش‌دهی منظم، دقیق و مؤثر نمایندگان ناظر، می‌تواند به اصلاح مؤثر امور منتهی شود و از شکل‌گیری جریانات و تصمیمات خلاف قانون جلوگیری کند.
ابزار مجلس برای اعمال نظارت مالی خود، دیوان محاسبات کشور است. همان‌طور که ذکر شد دیوان برای انجام وظایف خود می‌تواند در تمامی امور کشور تحقیق و تفحص کند و تمامی مقامات قوای سه‌گانه و کلیه نهادها و مؤسساتی که از بودجه عمومی کشور استفاده می‌کنند، مکلف به پاسخ‌گویی مستقیم هستند. تخلف دستگاه‌های اجرایی و اداری و کارکنان آن از قوانین و مقررات بودجه‌ای و مالی حسب مورد ضمانت اجرای کیفری، مدنی، اداری و انضباطی دارد که از طرف مراجع قضایی و قانونی ذی‌ربط اعمال می‌شود. این امر از لحاظ سیاسی، سبب مسئولیت سیاسی مقامات عالی قوه مجریه می‌شود.
ضمانت اجرای این نظارت، اعتباری است که قانون برای تأیید اقدامات دولت از سوی مجلس قائل شده است. تا زمانی که مجلس موافقت خود را با آن دسته از اعمال و تصمیمات دولت که مشمول نظارت استصوابی قرار دارند اعلام ننماید، اعمال و تصمیمات مزبور، اعتبار قانونی و قابلیت اجرایی نمی‌یابند.
گفتار چهارم: پیشنهادهایی جهت نظارت بهتر کمیسیون‌ها
ذکر نکته‌ای ضروری به‌نظر می‌رسد و آن این‌که از یکسو می‌توان تمامی مواردی را که ذکر شد، در قالب اصلاحات آیین‌نامه‌ای، لازم‌الاجرا نمود. بدیهی است که در این صورت، پیشنهادات مذکور، از حیث عملی، جنبه الزامی‌تری خواهند یافت. از طرف دیگر، با توجه به این‌که بند «10» ماده (22) آیین‌نامه داخلی مجلس شورای اسلامی، «حل و فصل معضلات و مشکلات کمیسیون‌» را جزو وظایف و اختیارات هیأت رئیسه مجلس برشمرده است و نظر به این‌که عبارت «حل و فصل»، در این‌جا نه به معنای داوری کردن و رفع اختلاف، بلکه به معنای اختیار تصمیم‌گیری برای مرتفع ساختن مشکلات کمیسیون‌هاست، لذا هیأت رئیسه مجلس با استناد به این ماده، می‌تواند برای رفع معضلات مربوط به عملکرد کمیسیون‌ها، اقدام به اخذ تصمیم نماید. به این جهت پیشنهاد دیگر می‌تواند بدین ترتیب باشد، که تمامی اصلاحات پیشنهادی، در قالب «شیوه‌نامه»‌ای خاص تنظیم و به تصویب هیأت رئیسه برسد و سپس به‌صورت آزمایشی و تحت نظارت هیأت رئیسه مجلس، توسط کمیسیون‌ها، اجرا شود. در صورتی که نتایج حاصل از اجرای آزمایشی آن شیوه‌نامه، مطلوب و مثبت ارزیابی شد، مفاد آن در قالب موادی قانونی به آیین‌نامه داخلی مجلس، ‌ملحق شود.
این سازوکار به‌دلیل بهره‌مندی از بازخوردهای «شیوه‌نامه»، مطلوب‌تر به‌نظر می‌رسد لیکن ضمانت اجرای آن خفیف‌تر از زمانی است که پیشنهادات مطروحه، به‌طور مستقیم در قالب اصلاح آیین‌نامه داخلی مجلس شورای اسلامی لازم‌الاجرا شوند.
1- استفاده از سازوکار کمیته‌های فرعی در درون کمیسیون‌های اصلی، تقریباً در اغلب مجالس قانونگذاری کشورهای جهان مرسوم است. مطالعات تطبیقی نیز این ادعا را به خوبی به اثبات می‌رساند. (زارعی،24،1382)
2- کمیته‌های فرعی، در عین حال که بازوی کارشناسی کمیسیون‌ها و مجلس محسوب می‌شوند، تصمیم گیرنده نهایی نیستند.
در مجلس شورای اسلامی، مطابق ماده (48) آیین‌نامه داخلی مجلس، هر یک از کمیسیون‌های تخصصی موظف هستند که از میان اعضای خود، کمیته یا کمیته‌های فرعی متناسب با موضوعات مربوطه تشکیل دهند. مصوبات این کمیته‌ها نیز پس از تصویب کمیسیون اصلی، رسمیت خواهد داشت. علی‌رغم تصریح ماده مذکور به استفاده از سازوکار تشکیل کمیته‌های فرعی، در عمل، اغلب کمیسیون‌های تخصصی، طرح‌ها و لوایحی را که بعضاً از اهمیت قابل توجهی نیز برخوردارند رأساً و بدون تشکیل کمیته‌های فرعی منسجم و متناسب با موضوع، مورد بررسی و ارزیابی نهایی قرار می‌‌دهند. بدیهی است که در پی بی‌توجهی به این سازوکار قانونی مهم، چه بسا عملاً برخی از نکات بعضاً تخصصی طرح یا لایحه مطروحه، مورد بررسی دقیق قرار نمی‌گیرد و چه در صحن علنی مجلس و چه پس از تصویب، با ایرادات و ابهاماتی روبه‌رو می‌شود.
برای رفع این معضل، پیشنهاد می‌شود که هیأت رئیسه زمینه‌ای را فراهم کند که در قالب اصلاح مواد آیین‌نامه داخلی، سازوکار تشکیل کمیته‌های فرعی در درون کمیسیون‌های اصلی، جنبه دائمی و الزامی پیدا کند و همچنین در زمان ارائه و تسلیم گزارش کمیسیون به هیأت رئیسه، هیأت رئیسه از دریافت آن دسته از گزارشات کمیسیون‌های تخصصی که فاقد گزارش کمیته‌های فرعی است، خودداری نمایند.
(زارعی، 318،1389)
3- پیشنهاد می‌شود که در راستای اجرای هرچه بهتر بند «12» ماده (23) آیین‌نامه داخلی مجلس که مقرر می‌دارد که نمایندگان ناظر باید گزارش‌های خویش را به هیأت رئیسه تسلیم نماید، هیأت رئیسه نسبت به تنظیم دستورالعمل اجرائی مناسب، اقدام مقتضی را مبذول نماید.
4- پیشنهاد می‌شود هیأت رئیسه مجلس، گزارش‌های دیوان محاسبات، سازمان حسابرسی و سازمان بازرسی کل کشور را از نهادهای مذکور،‌ دریافت نماید و به تناسب و حسب موضوع به کمیسیون‌های مربوطه ارجاع کند. سپس نتایج حاصل از بررسی‌ها را با تعیین وقت معین، از کمیسیون‌های مذکور درخواست نماید.
5- پیشنهاد می‌شود که در سایت اینترنتی مرکز پژوهش‌های مجلس، نسبت به درج اعلان عمومی جهت دریافت اخبار و اطلاعات مردمی مربوط به سوء مدیریت در دستگاه‌های اجرائی و، اقدام گردد تا پس از جمع‌آوری این اطلاعات و ارسال آن برای هیأت رئیسه مجلس، ابزار لازم جهت بررسی‌های دقیق‌تر و علمی‌تر کمیسیون‌ها، فراهم گردد.
6- . پیشنهاد می‌شود مفاد آیین‌نامه داخلی مجلس، طبق پیشنهاد مطروحه در بند «5» پیشین در قسمت «پیشنهادات»، اصلاح شود. همچنین پیشنهاد می‌شود ضمانت اجرای ارسال اطلاعات و گزارش‌های دستگاه‌های اجرائی در قانون به‌شرح وظایف مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی مصوب 19/9/1374، به صراحت و به‌طور شفاف، پیش‌بینی گردد.
7- پیشنهاد می‌شود که از راهکارهای انضباطی و تشویقی در مفاد آیین‌نامه داخلی مجلس در زمینه موضوع مورد بحث، استفاده شود. بر این اساس که در صورت عدم ایفای وظایف قانونی کمیسیون‌ها در اعمال نظارت بر عملکرد دستگاه‌های اجرائی و ارائه گزارشات مستمر ماهیانه بر طبق آیین‌نامه داخلی، هیأت رئیسه مجلس مجاز به برخورد انضباطی نظیر استیضاح آن‌ها باشد؛ همچنین هیأت رئیسه باید جهت تشویق هر چه بیش‌تر کمیسیون‌ها، آن‌ دسته از کمیسیون‌هایی را که به نحوی مطلوب نسبت به اعمال وظایف خویش اقدام می‌کنند، مورد حمایت‌های شویقی خاص قرار دهد. راهکار اجرائی لازم در این مورد، باید در مواد آیین‌نامه داخلی مجلس، لحاظ شود.
8- نوع رژیم سیاسی ریاستی، پارلمانی یا شبه پارلمانی متأثر از الگوی تفکیک قوا و تابعی از نظام توازن و کنترل قوا نسبت به یکدیگر است. به این ترتیب جایگاه پارلمانها و کارکردهای تقنینی و نظارتی آنها تابعی از انواع رژیم های سیاسی مذکور است؛ در نتیجه قوت یا ضعف پارلمانها در زمینه ی نظارت و پاسخ¬گویی را باید با توجه به روابط قوای مقننه و مجریه تحلیل و ارزیابی کنیم.
9- جایگاه احزاب منسجم و قوی در فرآیند انتخابات و معرفی نمایندگان قوی، متخصص و باتجربه و تعیین هیئت رئیسه و ریاست پارلمان از اهمیت زیادی برخوردار است.
10- در غالب نظام های پارلمانی تأثیر احزاب در تعیین ریاست کمیسیون¬ها با نیابت رؤسای کمیسیون¬ها مورد توجه جدی قرار دارد؛ به گونه¬ای که حزب مسلطی که بیشترین کرسی¬های پارلمانی را به دست آورده است، ریاست کمیسیون¬ها را تعیین می¬کند، لیکن نیابت کمیسیون¬ها همواره با احزاب رقیب یا مخالف است. چنین ترکیبی تعادل کمیسیونی را در انجام وظایف تقنینی و نظارتی آن حفظ می¬کند.